Efsanevi savaşçı Miyamoto Musashi hayatının erken döneminde gözü yükseklerde olan bir hayduttur. Film, bir kanun kaçağı ve sonunda onun gerçek bir samuray oluşunu anlatıyor.
Serinin ilk bölümünde; Miyatomo köyünden Takezo, gençliğinin en deli-dolu döneminde arkadaşı Matahachi ile birlikte büyük bir samuray olabilmek için evinden ayrılmıştı. Takezo, Musashi ünvanını aldı ve kılıç kullanmada büyük bir usta oldu. Kendisinin yol göstericisi olan Rahip Takuan tarafından. bilgi ve görgüsünü arttırmak, saygıdeğer bir samuray olmak, ustalığını daha da ileri düzeye taşımak ve kişiliğini tamamlamak için bir yolculuğa gönderilmişti… Bu bölümde ise, Yoshioka kılıç okulu ile bu okulun entrikaları ile uğraştığı, çırağı jotaro ve en önemli rakiplerinden biri olan kojiro sasaki ile tanışması anlatılır. Ölümsüz aşkı otsu ile bir yuva kurmak ister ama kadın mı kılıç mı seçimini bir kez daha yapar ve yine kılıcını seçer…
Kenshin Himura; nam-ı diğer Battousai, efsanevi bir kılıç ustasıdır. Meiji Restorasyonu'ndan sonra kılıçla öldürmeyi bırakmıştır. Köyde, kılıç ustalığı okulu işleten Kaoru Kamiya ile huzurlu bir hayat yaşamaya çalışmaktadır. Bir gün ustamızın en sevdiği yemek mekanı olan Akabeko Restaurant yıkılır. Kenshin Himura orada "Junchu" yazılı bir not bulur. Son düşmanı intikam ateşiyle yanan tanıdık biridir.
Benkei, a master fighter and killer, vows never to take another life after his conversion to Buddhism. His faith in pacifism, however, is shaken and ultimately broken by the attacks from a trio of fighters known only as the demons. Taking up his sword once more, he sets out to end their murderous terror.
Samurai Marathon 260 yıldır dünyaya kapalı bir şekilde, barış içinde yaşayan Japonya'ya, Amerikan emperyalistler gelir. Ülkenin efendisi amaçlarının dostane olmadığını farkeder ve barış içinde yaşamaya alışıp güçten düşen samuraylarını eğitmek ve güçlendirmek amacıyla uzun bir maraton düzenler.
Eski efsanevi suikastçı Kenshin Himura (Takeru Sato) artık gezgin bir samuray haline gelmiştir. Geçmişte yaptıkları yüzünden kefareti olarak artık yardıma ihtiyacı olanları korur. Bu süre zarfında Kenshin Himura Kaoru Kamiya (Emi Takei) ona yardımcı olurlar. Kenshin'nin şiddet dolu geçmişi ile sorunları devam eder ...