Eşiyle birlikteyken acımasızca saldırıya uğrayan Grey Trace, karısını saldırıda kaybetmenin yanı sıra belden aşağı da felç olmuştur. Günün birinde bir milyarder mucitten bedenini geliştirecek deneysel bir tedavi teklifi alır. Tedavi için Trace'in bedenine STEM olarak adlandırılan yapay zeka implantı yerleştirilir. Tedavi ile insanüstü yetenekler kazanan Trace, karısını öldüren ve kendi hayatını mahveden kişilerden intikam almak için yola koyulur...
Sorunlar yaşayan FBI ajanları Fox Mulder ile Dana Scully, başlarına gelen en tehlikeli tehditle karşı karşıya kalırlar. Dünya dışı kaynaklı olduğu düşünülen bir virüs dünyadaki yaşamın tamamını yok etmek üzeredir. Mulder ve Scully, doktor Alvin Kurtzweil'ın da yardımlarıyla dünyadaki canlı yaşamını kurtarmak için bir an önce harekete geçmelidir.
Bir İHA pilotu olan Harp, zor bir görevle karşı karşıyadır. Tehlikeli bir askeri bölgeye gönderilen Harp’tan burada kıyamete neden olabilecek bir cihazı bulması istenir. Bir andoid subay ile birlikte çalışan Harp’ın cihazı yanlış kişilerin eline geçmeden bulması gerekir.
Teğmen Harrigan uyuşturucuya karşı savaş açmış bir polistir. Birdenbire uyuşturucu lordları birer birer vahşice öldürülmeye başlar. Üstleri, ona bu olaydan uzak durmasını söylese de Harrigan, olayı derinlemesine araştırmaya başlar. Kısa süre sonra cinayetlerin arkasında, kurbanlarını hunharca avlayarak kafataslarını ganimet olarak saklayan uzaylı bir avcının olduğunu anlar. Harrigan artık ya bu vahşi yaratığı durduracaktır ya da avın bir parçası olacaktır.
Covenant adlı bir gemi, sakin ve bilinmeyen bir gezegene iniş yapar. Tayfa, başlangıçta gezegeni keşfedilmemiş bir cennet olarak görse de, karanlık kendini gösterdiğinde ekibin fikri değişecektir.