Dünyanın dört bir yanındaki polis güçleri tarafından tutulan güvenlik kameralarını birbirine bağlayan bir deniz tesisi olan Pacific Buoy, Tokyo'daki Hachijojima Adası yakınlarındaki sularda inşa edildi ve dünyanın dört bir yanından mühendisleri tam ölçekli operasyon için bir araya getirdi. Yüz tanıma sistemi kullanılarak yeni bir teknoloji test ediliyordu. Bu arada, Conan ve diğer çocuk dedektifler, Sonoko'nun daveti üzerine balina izlemek için Hachijojima'ya gelmişlerdi. Daha sonra Conan, Subaru Okiya'dan (Shuichi Akai) bir Europol çalışanının Almanya'da siyah bir örgüt olan cin tarafından öldürüldüğü haberini alır. Rahatsız olan Conan, bir kadın mühendisin siyah bir örgüt tarafından kaçırıldığı Pasifik Şamandırası'na sızar. Ve Hachijojima'da kalan Haibara'nın üzerinde siyah bir gölge sürünür.
Fifteen years ago in a barren stretch of the Pacific, a cruise ship collided with an iceberg and was lost at sea. More than a decade later, Hideto Yashiro—a ship engineer—died in a fatal car accident. The unlikely connection between these events only comes to light on the luxury liner St. Aphrodite during her maiden voyage. Aboard it on a much needed vacation, Kogorou Mouri, his daughter Ran, Conan Edogawa, and the Detective Boys enjoy a trip provided by Sonoko Suzuki's family. But their fun is soon cut short when a game of hide-and-seek leads to Sonoko's disappearance.
As a pair of towers in Tokyo are being prepared for their grand opening, there is a series of murders of people connected to the towers. Conan suspects that the mysterious Syndicate may also be involved.
When her friend Martin turns up murdered just hours after auctioning off an abandoned storage unit full of unique items to Jennifer, she is immediately pulled on the case as a key eyewitness. Working with Detective Lynwood, Jennifer helps single out a disgruntled customer as the prime suspect, while she and her business partner, Danielle, sift through boxes from the auction.
An aging ex-boxer gangster working as muscle for a Boston crime boss receives an upsetting diagnosis. Despite a faltering memory, he attempts to rectify the sins of his past and reconnect with his estranged children. He is determined to leave a positive legacy for his grandson, but the criminal underworld isn’t done with him and won’t loosen their grip willingly.