Philadelphia'lı bir polisin eşinin kaçırlaması üzerine acımasız teröristleri avlaması için gizli bir devlet bölümüne girer. Teröristler belki de bu dünyadan değildir!
Dizi, Fox Mulder ve Dana Scully adlı iki FBI ajanının maceralarını konu almaktadır. Dizide, ajan Fox Mulder ve Dana Scully FBI'ın Gizli Dosyalar departmanına atanmış iki ajandır. Bu departman çözülemeyen, tuhaf ve paranormal olaylarla ilişkisi bulunan dosyalardan sorumludur. Ajan Fox Mulder, paranormal olaylara ve uzaylı komplosuna "inanan" bir bakış açısı sergilerken Ajan Dana Scully ise bilimi rehber alan kuşkucu bir tavırla hareket eder.
FBI dünya çapında açıklanamayan olayları aydınlatmak için Boston, Massachusett merkezli Fringe adında bir ekip kurar. FBI’da özel ajan olarak görev alan Olivia Dunham, metafizik üzerine araştırmalarda bulunan bilim adamı Walter Bishop ve bilim adamının oğlu Peter Bishop’ın esrarengiz olayları araştırmak için görevlendirilir.
Artık süper kahramanların ve uzaylıların varlığı herkes tarafından bilinmektedir ve dünya bu yeni gerçekle yüzleşmeye çalışır. Ajan Phil Coulson tekrar harekete geçmiştir ve gözü Yükselen Gelgit adlı gizemli bir gruptadır. Bu görünmeyen ve bilinmeyen düşmanın izini sürmek için, dünya çapında kanun uygulayıcı bir organizasyon olan S.H.I.E.L.D. küçük ama son derece seçkin bir ajan grubu toplar. S.H.I.E.L.D. ekibinin bir görevi vardır: Olağan olanı olağanüstü olandan koruyarak tüm dünyada yeni, tuhaf ve bilinmeyen şeyleri araştırmak.
Doğuştan özel yetenekleri olan ve bunları kontrol edemeyen küçük bir kız olan Bo, bu yeteneklerinin farkında olan bir grup insan tarafından, kendisini kötü amaçları için kullanmak isteyen insanlardan korunarak büyütülmüştür. Kızımızın hayatının daha fazla tehlike altına girmesiyle bu grup, haksız yere idam cezasına çarptırılmış biri olan Tate’i bir şekilde hapishaneden çıkararak, Bo’nun koruycusu olarak görevlendirir. Dizide, bu ikilinin yaşadıkları olaylara odaklanılacak.
Dünya, insanlığın varlığını tehdit eden bir uzaylı türü tarafından ziyaret edilmiştir. Olaylar, etraflarında meydana gelen kaosu anlamaya çalışan beş sıradan insanın gözünden gerçek zamanlı olarak aktarılıyor.
Gizli bir devlet ajanı olan Kirsten (Ishta), yeni ölmüş insanların belleklerine girerek, onların hatıralarından aldığı bilgilerle çeşitli cinayetleri ve aydınlanmamış ilginç vakaları çözmektedir.