A wind has swept the Earth taking all the memories from everyone. No one knows who they are, how to speak, or how to use the tools of modern civilization. Two years later, a young man who has been re-educated travels across America on a mysterious journey.
"Revival of Evangelion", "Evangelion: Death (True)²" ("Death and Rebirth"teki "Death" bölümünün yeniden düzenlemesi) ve "The End of Evangelion" filmlerini tek bir uzun yapımda birleştiriyor. Bu "tam" bir son.
Sofia, Oona adlı küçük bir deniz kızına yardım ettikten sonra, Sofia'nın muskası ona bir deniz kızına dönüşme ve yeni arkadaşının su altı krallığını ziyaret etme gücü verir. Ancak Cedric (bir deniz canavarı kılığına girerek) Oona'nın büyülü Deniz Kızı Tarağı'nı çalma planları yaptığında, her iki dünya için de tehlike su yüzüne çıkar. Özel konuk Prenses Ariel'in biraz yardımıyla Sofia, Oona'yı kurtarmak ve çok geç olmadan bir tayfunu önlemek için bir maceraya atılır.
Johto'nun uzaktaki yeni yerleri kutsal sular, yasaklanmış orman ve bir sır barındırmaktadır. Mewtwo ve süper klon pokemon arkadaşları nihayet rahatça çalışıp kendilerini geliştirebilecekleri ve onların işlerine burnunu sokan insanlardan uzakta yaşayabilecekleri yeni bir yer bulmuşlardır. Pokemon İlk Film'de Mewtwo, Mew'in klonlarıyla olan çarpışmasının tüm izlerini yok etmiş hatta kendi de ortadan kaybolmuştur! Giovanni hariç herkesin hafızası silinmiştir ve kötülüğün gücü Mewtwo'nun arkasındadır. Üçkağıtçı Roket takımının lideri Mewtwo'nun gizli sığınağını keşfeder. Şans öyle gösteriyor ki Ash, Pikachu ve arkadaşlarıda yakında Giovanni Mewtwo'yu acı veren bir mücadeleyle yüz yüze bırakır; İnsani otoriteye boyun eğmek yada süper klonlar gibi ayakta durmak.Savaş kesin görünmektedir, fakat içinde bulundukları durum güzel ortamlarına etkisini gösterir... Mewtwo'nun kaderi Ash'ın ellerindedir