The story follows Akane, a girl with no self-confidence. On the day before her birthday, she meets a mysterious alchemist, Hippocrates, and his student, Pipo, who both tell her they're on a mission to save the world. Together, they set out from the basement for "Wonderland," and Akane finds herself labelled Wonderland's savior.
Hikâye, Borrower adı verilen, sadece 10 cm boyunda olan ve normal boyutlardaki sıradan insan evlerinin yer döşemelerinin altında yaşayan bir grup ufak insan etrafında şekilleniyor.
Kendilerine yeni bir yuva arayan Çiykinley ailesinin yolu Kokuşuk Köy'e düşer. Bir zamanlar çok mutlu ve huzurlu olan Kokuşuk Köy'ün en büyük sorunu ise gittikçe büyüyen ve tüm köyü kokutan devasa çöp yığınıdır. Bu koca ve kokulu soruna gizlice deneyler yaparak çözüm bulmaya çalışan dahi Profesör ile küçük kafadarlar Max ve Lotta, çılgın bir icat üzerine çalışmaktadır. Çiykinley, Kokuşuk Köy'ün çöplerine iniş yapar yapmaz, buraya ait olduklarını bilirler çünkü en büyük özellikleri çöple beslenmeleridir! Kokuşuk Köy feraha, Çiykinley ise aradığı eve kavuştu derken, çöp arazisine göz dikmiş Bay Çekiç, sorunu çözmek yerine yeni çöp dağları yaratacak sinsi bir inşaat projesi peşindedir. Planları ortaya çıkarıp köyü kurtarma görevi ise Çiykin çocuklar ile yeni arkadaşları Max ve Lotta'ya düşer.
Alice, Beyaz Tavşan'ın peşinden deliğe girer ve kendini Harikalar Diyarında, bir dizi maceranın içinde bulur. Bu ülkede çılgınlıklar, saçmalıklar ve gerçeküstü olaylar esastır. Bilmecelerin çözümü yoktur, şarkılar hiçbirşey söylemez ve her şey tuhaf sözcük oyunlarıyla çarpıtılmıştır. Alice, nargile içen Tırtıl , Cheshire Kedisi, Sözde Kaplumbağa ve domuz yavrusuna dönüşen bebekle karşılaşır yarışlara ve Çılgın Şapkacı'nın çay partisine katılır, flamingolar ve kirpilerle kriket oynar. Önüne geleni idam etmeye kalkan Kupa kızı bile Alice'i korkutamaz.... Alice özgüveni ile karşılaştığı herşeyin üstesinden gelmeyi bilir.
Kayıp annesini bulmak için yazın kar yağarken kendisini gizemli bir yolculuğa sürükleyen dikbaşlı bir kızla maceraya atılan utangaç bir çocuk hayır demeyi öğrenebilecek midir?
Akrabaları ile yaşayan Mary 2 kediyi takip ederken değişik bir çiçek bulur. Bu çiçek sihirli güçler vermektedir. Mary az biraz gittikten sonra küçük bir süpürge sopası bulur. Süpürgenin harekete geçtiğini hisseder gibi olunca çok şaşırır. Ancak Mary daha neler olduğunu anlayamadan süpürge onu ağaç dallarının üstünden bulutlara çıkarıp ardından, tüm araştırmaların vasıflı cadılardan oluşan yetenekli bir kadro tarafından yapıldığı Endor Üniversitesi topraklarına getirir. Mary burada kafeslere hapsedilip dönüşüme uğramış ya da şekli bozulmuş mutant hayvanlar üzerinde yapılan korkunç bir deneye şahit olur. Süpürgesi havalandığı sırada Mary siyah kedi Tib’in de hapsedilmiş olduğunu fark eder. Ertesi gün akademiye dönen Mary, akademinin başkanı Bayan Pumblechook ve onun iş arkadaşı Doktor Dee’ye görünmeden tüm hayvanları serbest bırakmayı başarır. Ardından Mary de kaçar… Ancak bahsi geçen şeytan ikili Mary’yi kesintisiz bir takibe alır.