Due to "The Shift" 50% of the worlds population has turned into rage humans, entire cities have vanished and the weather across the globe is chaotic. Inside this chaos, the survivors attempt to unravel answers to this convoluted mystery.
Özel güçleri olan insanların baskı gördüğü bir şehirde eski bir suçlu, yolsuz bir polisten korumaya çalıştığı genç için nefret ettiği uyuşturucu baronundan yardım ister.
Ra'ya benzeyen bir uzaylı, orijinal Stargate görevinden bir yıl sonra, Stargate'ten çıkar, beş askeri öldürür ve bir diğerini kaçırır. Bazı eski üyelerin de dahil olduğu yeni bir ekip kurulur ve Ra'nın halâ nasıl hayatta olabileceğini bulmak için kayıp askeri aramaya giderler. Bu arada, uzaylı; Goa'uld, Sha're ve Skaara'yı kaçırır, onlara simbiyotlar yerleştirir ve onları Goa'uld konakçıları yapar.
İç savaşın kıyısındaki Moldova’ya askeri destek için giden Amerikan askerleri esrarengiz bir şekilde öldürülmeye başlar. Anlam verilemeyen bu ölümleri araştırması ve mantıklı bir çözüm üretmesi için DARPA mühendisi Dr. Mark Clyne birliğe katılır. Olaylar hiç de umdukları gibi gelişmez ve kendilerini çok taraflı bir ölüm kalım savaşının içinde, anlam veremedikleri bir düşmanla savaşırken bulurlar.
Six children are found spread through out the world that not only have enormous intelligence, but identical intelligence and have a strange bond to each other.
Bennie ve Claire çifti, Marvel'ın The Avengers filmindeki uzaylılara ait bir silahı bulur ve Bennie bu silahı tamir etmeyi başarır. Bu güçlü silahı kullanarak birkaç banka soygunu gerçekleştirirler. S.H.I.E.L.D, duruma müdahale etmek için Ajan Sitwell'i görevlendirir. Görevi, silahı güvence altına almak ve ikiliyi etkisiz hale getirmektir. Bir motelde yaşanan çatışmada, Sitwell ikiliyi alt etmeyi başarır. Sitwell, onlara toplam 47 uzaylı objesinin ele geçirildiğini ve bunlardan sadece bir tanesinin (bu silahın) çalışır durumda olduğunu açıklar. Bennie'nin uzaylı teknolojisini tamir edebildiğini öğrenen Sitwell, ikisine S.H.I.E.L.D'da iş teklif eder. Bennie ve Claire de bu teklifi kabul eder.
Dünya'nın ekosisteminin çöküşünden sonra distopik bir gelecekte geçen film, çökmüş dünyanın çürüyen kalıntılarında yaşamını sürdürmek için hayatta kalma becerilerini kullanan, güçlü ve iradeli 13 yaşındaki bir kız olan Vesper'ı ve hasta babası, Darius’ı takip ediyor.