Bu kez Alex, Marty, Melman, Gloria, Kral Julien, Maurice hatta penguenler ile şempanzeler, hep birlikte Madagaskar sahillerinde bir adadadırlar. Ortada aşmaları gereken bir sorun vardır ve bunun için çare arayışına girerler. Penguenler uçak tamirine başlar. Ancak uçağa binince yeterince havada kalma şansları olmaz. Bundan sonrasında da Afrika’da kendilerine benzeyen hayvanlarla birlikte olacaklardır. Tabii ki Central Park’taki evlerinden daha güvende oldukları epeyce şüphelidir.
Bu bölümde, Afrika ormanlarının isimsiz kahramanları Timon ve Pumbaa ile geçmişe yolculuk edeceğiz. Simba'nın maceralarının başlamadan önceki zamana gidip, Timon ve Pumbaa'nın nereden geldiğini, nasıl tanıştıklarını, yaşamak için nasıl bir mükemmel yer aradıklarını ve Simba'yla nasıl tanıştıkları anlatılıyor.
Yaşadıkları hayvanat bahçesinde kendi düzenlerini kurmuş dört arkadaş hayatlarından çok mutludurlar. Aslan Kral Alex, Zebra Marty, Zürafa Melman ve Su Aygırı Gloria, şehrin ortasında kendi ormanlarını kurmuşlardır. Normal seyreden hayatları içlerinden birinin mecara arayışı yüzünden değişir. Zebra Marty merak ettiği dış dünyayı keşfetmek uğruna bir gece hayvanat bahçesinden kaçar. Onun yokluğunu fark eden arkadaşları çok sevdikleri dostlarını bulmak için yollara düşerler. Başlarına birbirinden komik olaylar gelen ekip, sonunda kendilerini Madagaskar adasında bulurlar. Ancak alıştıkları rahat düzenden uzak kalmak ve doğal yaşama uyum sağlamak onlar için pek de kolay olmayacaktır.
Afrika savanasında yer alan film, Kion'u "Aslan Muhafızları"nın üyelerini birleştirirken izliyor. Film boyunca, genç hayvanların çeşitli ekibi, sorunları çözmek için kendi benzersiz yeteneklerinin her birinden nasıl faydalanacağını ve Hayat Çemberi'nde dengeyi korumak için görevleri yerine getireceklerini öğrenecek ve aynı zamanda izleyicileri, muhteşem Afrika yığını oluşturan çok sayıda hayvana tanıtılacaktır.
Geri dönüyorlar! Aslan Alex, Zebra Marty, Zürafa Melma ve Su Aygırı Gloria gene ortalığı birbirine katacaklar. Polise yakalanmadan evleri New York'a geri dönebilmek için çareyi gezici bir sirkin gösteri ekibine katılmakta bulurlar. Alex'in amacı mümkün mertebe fark edilmeden eve dönmekken bu ekiple işi oldukça zordur. Avrupa turnesi şüphesiz ki oldukça renkli geçecektir.
Dünyanın sonu geldi çattı! Tüm dünyanın sular altında kalmasına çok kısa bir süre kaldı! Neyse ki sakat kafadarlarımız Dave ve biricik oğlu Finny için hala bir şans daha var! Nestrian neslinin sürdürülebilmesi de; bu çetin mücadeleden alnının akıyla çıkmayı başarabilmek için kanat çırpan baba ve oğlun elinde gibi görünüyor! Animasyon soslu bir Nuh'un Gemisi parodisi olan film; dünyanın sular altına kalmasının ardından soyunu sürdürebilmek için mücadele eden sevimli dostlarımızın macerasını beyazperdeye taşıyor. Yönetmenliğini yine ağırlıklı olarak animasyon piyasasına yönelik işleriyle tanınan Toby Genkel ve Sean McCormak ikilisinin üstlendiği Lüksemburg ve Almanya ortak yapımı olan film; dostluk, dirayet ve fedakârlık duygularını ön plana alan ve öncelikli olarak çocuk izleyicileri cezbedecek gibi görünen eğlenceli bir animasyon güzellemesi!