Uzak olmayan bir gelecekte her şeyi gözetleyen bir devlet, insanların bilinçsiz yaşamları üzerinden vergi toplayabilmek için rüya denetimleri gerçekleştirir. Eksantrik bir sanatçı olan Arabella "Bella" Isadora'nın rüyalarını denetlemekle görevlendirilen hükümet ajanı olan James Preble, şehirden uzakta bulunan bir çiftliğe seyahat eder. Preble, sanatçının renkli arşivini incelerken, onun bir dizi sırrını ve özel anılarını bulur.
Set 15 years after "Twentieth Century Boys," Kanna (Airi Taira) reunites with several main characters from the first film in an attempt to stop Friend's increasing influence over the world and continued plans to eliminate humanity, as detailed in the New Book of Prophecy.
Roland Deschain, bütün evreni bir arada tutan Kara Kule'nin yok olmasını engellemek için Siyah Giyen Adam olarak bilinen Walter O'dim'e karşı sürdürdüğü, sonsuz bir savaş içinde esir kalmıştır. Dünya'nın kaderinin pamuk ipliğine bağlı olduğu, iyi ve kötünün ters düştüğü bu son savaşta Roland, kaleyi Siyah Giyen Adam'dan koruyacak tek kişidir.
İç savaşın kıyısındaki Moldova’ya askeri destek için giden Amerikan askerleri esrarengiz bir şekilde öldürülmeye başlar. Anlam verilemeyen bu ölümleri araştırması ve mantıklı bir çözüm üretmesi için DARPA mühendisi Dr. Mark Clyne birliğe katılır. Olaylar hiç de umdukları gibi gelişmez ve kendilerini çok taraflı bir ölüm kalım savaşının içinde, anlam veremedikleri bir düşmanla savaşırken bulurlar.
Özel güçleri olan insanların baskı gördüğü bir şehirde eski bir suçlu, yolsuz bir polisten korumaya çalıştığı genç için nefret ettiği uyuşturucu baronundan yardım ister.