Balto, anne tarafından kurt kanı taşıdığı için birçok kişi tarafından hor görülmeyi artık kabullenmiştir. Bu durumu kabullenmesinde, şüphesiz eşi Jenna'nın ve onun dünyaya getirdiği bir sürü yavrunun payı büyüktür. Balto, gururlu bir babadır, ancak birkaç gün sonra yavrularını "evlatlık" vermek zorunda olduğunu anlar, çünkü insanlar yavru köpekleri tercih etmektedir. Böylece yavrularına yeni sahipler bulmak için yola çıkarlar ve günün sonunda sepette sadece bir yavru kalır: Aleu. Balto, Aleu'yu bulduğunda, yavru zaten tehlikededir ve bir ayı tarafından tehdit edilmektedir. Kısa süre sonra baba ve kız, gözlerine kestirdikleri melezleri avlamak isteyen bir kurt sürüsüyle karşılaşır...
Balto ve oğlu Kodi, Alaska'daki Nome kasabasına posta ve eşya göndermenin uçaklarla daha hızlı olduğunu fark eder ve bu durumun kızak köpeği ekibinin geleceğini tehdit ettiğini anlar. Balto'nun kızak ekibi ile pilot Duke'un uçağı arasında bir posta dağıtım yarışı düzenlenir. Köpekler daha hızlıdır ve bazı köpekler zaferlerini kutlamaya başlar, ancak bu sadece şiddetli bir fırtınanın uçağı düşürmesi sayesindedir. Tabii ki Balto, pilotu kurtarmaya çalışır. Ancak oğlu ve ekibin diğer köpekleri, başta ona eşlik etmek istemez.
Film, bir bebek fili olan Kayla'ya arkadaş olduğu ve bir sihirbaz gösterisinde George'un maceralarını anlatıyor ve ailesiyle yeniden bir araya gelmek için ülke çapında seyahat etmesine yardımcı oluyor. Arkasında sarı şapkayla adam olan George, yürüyerek, Tren ve kamyonla Kayla'nın kız kardeşine ve California'daki kız kardeşine ulaşıyor, yalnızca fil uykusu ile suçlanıyor ve New York'a kadar geri getiriliyor.