İnsan görünümlü uzaylılar tarafından yapılan saldırıdan kurtulan genç bir kız, kaybolan erkek kardeşini aramaya koyulur. Kardeşini arama çalışmalarına uzaylı olup olmadığı belirsiz olan bir çocuk yardımcı olacaktır. Dünya'nın sonunu getirecek olan 5. dalgadan kaçmak için başka çaresi kalmayan Cassie'nin bu yabancıya güvenmekten başka çaresi kalmamıştır.
Burt Gummer ve oğlu Travis Welker, bir dizi ölümcül dev solucan saldırılarını incelemek için Kanada’ya gider. Issız bir bölgede olan araştırma merkezine vardıklarında Burt, Graboid’lerin gizlice bir silah haline getirildiğinden şüphelenir. Ancak kuramını ispatlayamadan Graboid zehri onun saf dışı kalmasına neden olur. Yaşamak için önlerinde yalnızca 48 saat vardır. Yaşamda kalabilmenin tek yolu ise taze zehirden bir panzehir üretmektir.
Özel bir uydu aracılığı ile, Antarktika’da tanımlanamayan bir ısı kaynağına rastlanır ve bunun, yer altında derinlere gömülü bir piramit olduğu fark edilir. Bunun üzerine daha detaylı bir araştırma yapmak üzere en iyi arkeologlar ve mühendisler Antarktika’ya giderler. Ancak ekip oraya vardığında bölgenin uzaylı türlerine ait bir savaş alanı olduğunu keşfederler. Bu hiç akıllarına gelemeyecek bir durumdur. Dahası bu insanlar, mevcut savaşın ortasında kalmışlardır.
İlk filmin sonunda yabancı bir gezegende değil, tarumar olmuş bir dünyanın geleceğinde olduklarını anlayan Taylor ve Nova, Yasak Bölge'deki seyahatlerini sürdürürken Brent adlı bir astronot, Taylor'ı aramaya gelir. At sırtında tek başına dolaşan Nova'ya rastladığında, konuşmayı bilmeyen genç kadından bir şekilde Taylor'ın Yasak Bölge'de kaybolduğunu öğrenir. Aslında Taylor, yeraltındaki tünellerde yaşayan bir grup insan tarafından esir tutulmaktadır. Kendilerince tuhaf bir din geliştirmiş ve telepatik güçleri de olan bu insanlar, maymunların Yasak Bölge'yi istila etmek üzere olduğuna inanmaktadırlar. Ellerinde herşeyi bitirecek çok güçlü bir silah vardır ama bütün bunlar gezegenin bu kez tamamen yokolmasına sebep olabilecek gibi durmaktadır.
Special Forces commandos on a mission are abducted mid-operation by a mysterious spacecraft. Upon waking aboard, they find themselves prey to a relentless alien race in a fight for survival.
Royce bir ormana paraşütle düşerken uyanır ve kendini bilmediği bir ortamda bulur, hemen sonrasında aynı şekilde gelen birkaç kişiyle de karşılaşır. Kısa bir süre sonra aralarındaki doktor hariç hepsinin alanlarında uzman katiller olduğunu ve yabancı bir gezegende uzaylı bir ırk tarafından avlandıklarını keşfederler.