Batman ve Robin'e bu maceralarında Ninja Kaplumbağalar'ın da katılmasıyla kalabalıklaşan kahramanlarımız, kendilerinden daha kalabalık bir ekiple mücadele ediyor. Gotham'a Ra's Al Ghul ve onun Suikastçılar Birliği ile iş birliği yapmaya gelen Shredder ve Ayak Takımı'nı durdurmaya çalışacak olan Batman ve yeni arkadaşlarının yoluna Joker, Harley Quinn, Mr, Freeze ve Bane gibi kötüler de çıkıyor. Daha önce farklı yapımlarda Batman ve Joker'in sesi olan Troy Baker, bu kez hem Batman'i hem de Joker'i seslendirerek bir ilke imza atıyor.
10 yıl önce, Deathstroke adıyla bilinen muhteşem suikastçı Slade Wilson trajik bir hata yapar ve bu hatasının bedelini karısı ve oğlu öder. Bu olayın artından on yıl geçmesine rağmen Wilson’ın ailesi yeniden katil Jackal ve HIVE teröristleri tarafından tehdit edilir. Deathstroke geçmişindeki günahlardan kurtulabilecek midir, yoksa yine bedelini ailesi mi ödemek zorunda kalacaktır?
Metro Kent'in yeni koruyucuları olarak göreve başladıkları ilk günde Megazeka ve yardımcısı Minion, geçmişteki kötü günlerinden kalan tehlikeli icatları halka satmak için gizli sığınaklarında bir bit pazarı düzenlerken ortalıkta kalan ve ne işe yaradığını unuttukları görünüşte zararsız tek bir düğmeye bastıklarında devasa ve yıkıcı robot Mega-Megazeka kazara serbest kalır. Şehrin üstüne büyük bir tehlike çökerken, ikili bu devasa tehdidi etkisiz hale getirmek ve düzeni yeniden sağlamak için eski kötü adamlık dönemlerindeki çılgın yöntemlerine ve planlarına yeniden başvurmak zorunda kalır.
Popüler Nickelodeon çizgi karakteri Arnold, ilk uzun metraj filminde, evinin olduğu bloğu, alışveriş merkezi yapmak üzere yıkmak isteyen şeytani yatırımcı Scheck’e karşı savaşıyor. Büyüklerin bu korkunç plana karşı birşey yapmaması, Arnold ve arkadaşları Gerald ve Helga’nın harekete geçmelerine neden olur.