Kenshin Himura; nam-ı diğer Battousai, efsanevi bir kılıç ustasıdır. Meiji Restorasyonu'ndan sonra kılıçla öldürmeyi bırakmıştır. Köyde, kılıç ustalığı okulu işleten Kaoru Kamiya ile huzurlu bir hayat yaşamaya çalışmaktadır. Bir gün ustamızın en sevdiği yemek mekanı olan Akabeko Restaurant yıkılır. Kenshin Himura orada "Junchu" yazılı bir not bulur. Son düşmanı intikam ateşiyle yanan tanıdık biridir.
Yönetmen Takashi Miike’nin imzasını taşıyan bu film, geleneksel samuray sinemasının en güçlü modern örneklerinden biridir. Şogunluk döneminin sonundaki yozlaşmayı ve fedakârlığı epik bir aksiyonla anlatır. Edo döneminin sonlarında, halka zulmeden sadist bir efendiyi ve ülkeyi iç savaşa sürüklemesini engellemek için gizli bir görev üstlenen 13 samurayın destansı mücadelesini konu alır. Özellikle filmin sonundaki yaklaşık 45 dakikalık kesintisiz savaş ve strateji sekansı soluk kesicidir.
Manji'nin kız kardeşi gözleri önünde öldürülmüştür. Yaralarla dolu bedeniyle, kız kardeşinin intikamını almaya and içer. Gizemli bir kadın Manji'nin karşısında belirir ve ona ebedi gençlik ve ölümsüzlük bahşeder. Rin Asano'nun ailesi, kılıç taşıyan ve kendilerini "Itto ryu" olarak adlandıran bir grup tarafından öldürülmüştür. Rin ailesinin intikamını alabilmek için Manji'den onun muhafızı olmasını ister. İkili "Itto ryu" grubuna karşı savaşmaya başlarlar.
A sadistic Daimyo (feudal lord) rapes a woman and murders both her and her husband, but even when one of his own vassals commits suicide to bring attention to the crime, the matter is quickly hushed up. Not only will there be no punishment, but because the Daimyo is the Shogun's younger brother, he will soon be appointed to a high political position from which he could wreak even more havoc. Convinced that the fate of the Shogunate hangs in the balance, a plot is hatched to assassinate the Daimyo. The two most brilliant strategic minds of their generation find themselves pitted against each other; one is tasked to defend a man he despises, and has a small army at his disposal. The other is given a suicide mission, and has 12 brave men. They are the 13 Assassins.
Usta suikastçı Kenshin Himura, acımasız şeytani düşmanı Makoto Shishio’ya karşı durmaktadır. Bu kez amacı, Meiji hükümetine yönelik saldırıları engellemektir. Ülkenin kaderi Kenshin’in kılıcını ne kadar ustalıkla kullanacağına bağlıdır.
Samurai Marathon 260 yıldır dünyaya kapalı bir şekilde, barış içinde yaşayan Japonya'ya, Amerikan emperyalistler gelir. Ülkenin efendisi amaçlarının dostane olmadığını farkeder ve barış içinde yaşamaya alışıp güçten düşen samuraylarını eğitmek ve güçlendirmek amacıyla uzun bir maraton düzenler.